El Programa de Posgrado en Ciencias de la Salud es reglamentado por la Coordinación de Perfeccionamiento de Personal de Nivel Superior – CAPES, un órgano del Ministerio de la Educación. El nivel de maestría tiene duración de 24 meses, y el doctorado, de 48 meses. Durante ese período, los alumnos deberán cursar disciplinas y desarrollar un proyecto de investigación bajo la orientación de un profesor acreditado para el Programa.
Los alumnos pasan por una etapa de cualificación, con presentación de los resultados parciales del proyecto a una mesa examinadora compuesta por docentes internos y externos al Programa. Al término de las actividades académicas y de investigación, el alumno deberá presentar El Examen Oral Final, con todos los resultados de su proyecto, a una mesa de investigadores para evaluación. Tras la aprobación en todas las etapas, el alumno recibe el título de Máster o Doctor en Ciencias de la Salud, con énfasis en una de las áreas del Programa.